มหาวิทยาลัยพะเยาได้มีการดำเนินงานโดยตรงหลายรูปแบบ เพื่ออนุรักษ์ ฟื้นฟู และส่งเสริมความหลากหลายทางชีวภาพ ทั้งในระดับพื้นที่ภายในมหาวิทยาลัยและในความร่วมมือกับชุมชน ภาครัฐ และภาคีเครือข่ายภายนอก โดยมีรูปเเบบการดำเนินการ เช่น
โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ (อพ.สธ.) มหาวิทยาลัยพะเยา เป็นโครงการภายใต้พระราชดำริของสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี มีวัตถุประสงค์เพื่อรวบรวม อนุรักษ์ ฟื้นฟู และใช้ประโยชน์จากพันธุกรรมพืชอย่างยั่งยืน โดยมหาวิทยาลัยพะเยาทำหน้าที่เป็นหน่วยงานขับเคลื่อนหลักในพื้นที่จังหวัดพะเยาและภาคเหนือตอนบน ผ่านการจัดตั้งฐานข้อมูลพันธุกรรมพืช การปลูกและอนุรักษ์พันธุ์ไม้พื้นถิ่นหายาก การวิจัยและพัฒนาองค์ความรู้ด้านพฤกษศาสตร์ และการสร้างเครือข่ายความร่วมมือกับชุมชนท้องถิ่น เพื่อส่งเสริมการเรียนรู้และสร้างจิตสำนึกในการอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติและความหลากหลายทางชีวภาพ อันสอดคล้องกับเป้าหมายการพัฒนาที่ยั่งยืน (ศูนย์ประสานงาน อพ.สธ.-มหาวิทยาลัยพะเยา)
สถานีเรียนรู้เฉพาะประเด็นเชิงระบบนิเวศ / ชนิดพันธุ์ คือ Green Peafowl Learning and Conservation Center ตั้งขึ้นเพื่อส่งเสริมการอยู่ร่วมกันระหว่างคนกับนกยูงเขียว (Green Peafowl) ผ่านการศึกษา DNA การอนุรักษ์ในพื้นที่และนอกพื้นที่ การสร้างมูลค่าเชิงชีวภาพร่วมกับชุมชน ฯลฯ (Green Peafowl Learning and Conservation Center)
หน่วยงานภายในเป็นกลไกขับเคลื่อน คือ ศูนย์สิ่งแวดล้อมและการจัดการที่ยั่งยืน (CESM) มหาวิทยาลัยพะเยา ศูนย์นี้เป็นหน่วยงานระดับกองภายใต้สำนักอธิการบดี มีภารกิจสนับสนุนยุทธศาสตร์ “มหาวิทยาลัยสีเขียว / ความเป็นกลางทางคาร์บอน” และดำเนินงานด้านนวัตกรรม สิ่งแวดล้อม การปลูกต้นไม้ ฯลฯ (ศูนย์สิ่งแวดล้อมและการจัดการที่ยั่งยืน (CESM))
กิจกรรมนิสิต / ชมรมสิ่งแวดล้อม คือ ชมรมอนุรักษ์ธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ม.พะเยา มีการดำเนินกิจกรรม เช่น “มหาวิทยาลัยพะเยา ลดปริมาณขยะ (UP Zero Waste)” เป็นต้น (ชมรมอนุรักษ์ธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม มหาวิทยาลัยพะเยา)